航天工程系的前身是由哈军工导弹工程系的战术导弹部分组成的航天工程系，1978年正式招收四个专业的本科生，即导弹结构设计专业、固体火箭发动机专业、飞行器自动控制专业和导弹制导专业，培养了一大批优秀人才，为我国航天事业的发展做出了重要贡献。
　　航天工程系目前主要有飞行器设计与工程、飞行器质量与可靠性两个专业。飞行器设计与工程专业为黑龙江省重点专业，飞行器质量与可靠性专业为特色专业和紧缺专业。
　　在科学研究方面，航天工程系飞行器设计方向密切与力学（包括弹塑性力学、结构力学、疲劳、断裂力学、动力学、计算力学和实验力学）和材料科学联系，重点开展以舰载机为核心的气动、流固耦合技术、智能材料与结构、民用航天等方等方面的技术研究。可靠性工程方向围绕着国家工程和需求，以保障和提高重大技术装备的可靠性、安全性和经济性为目标，探索和发展可靠性、维修性、故障预测与健康管理的新理论和新方法。特别在系统和结构的可靠性方面承担了大量可靠性分与优化设计的科研任务，积累了丰富的科研经验，培养了一支从事结构可靠性教学和科研的教师队伍，培养了大批的研究生，在基于可靠性的结构优化设计和大型工程结构系统可靠性分析领域形成了我们独有的特色，取得的研究成果达到了国内领先水平。
　　航天工程系采用宽口径培养、大类培养等人才培养模式，使人才培养质量得到大幅提高。本科生大多进入航空航天等研究院所，一次就业率超过95%，学生素质得到了广泛认可。本校或其他985及211学校读研学生超过50%。
　　学生参与科技创新方面，“十二五”期间,本科生参加复合材料大赛，纸桥大赛，五四杯创新大赛，无人机、四旋翼飞机创新大赛等不同类别的比赛中获得20多个高名次奖励。研究生组建的团队参加第一届“新思路杯”全国研究生飞行器创新大赛三等奖。